Taja Kuzman Pungeršek je zaposlena kot asistentka na Odseku za tehnologije znanja (E8) Instituta “Jožef Stefan” od leta 2021. V istem letu je začela tudi doktorski študij na programu Informacijske in komunikacijske tehnologije na Mednarodni podiplomski šoli Jožefa Stefana. Njeno raziskovalno delo poteka predvsem na področjih obdelave naravnega jezika in strojnega učenja.

Kot asistentka sodeluje v številnih nacionalnih in mednarodnih projektih. Med drugim je v okviru projekta MaCoCu (2021–2023) sodelovala pri gradnji velikih zbirk spletnih besedil za več evropskih jezikov in zagotavljanju njihove kakovosti. V sklopu projektov ParlaMint (2021–2023) in ParlaCAP (2025–2027) je sodelovala pri gradnji parlamentarnih zbirk besedil, ki zajemajo govore iz parlamentov 29 evropskih držav in regij. V okviru projekta ParlaMint je vodila strojno prevajanje več kot osem milijonov govorov v angleščino, pri projektu ParlaCAP pa je z metodami strojnega učenja razvila model za prepoznavo tem govorov. Sodeluje tudi pri slovenskem projektu MEZZANINE (2022–2025), ki se osredotoča na raziskave govora, govorne tehnologije in govorne jezikovne vire za slovenščino, ter pri projektu EMMA (2023–2026), namenjenem razvoju jezikovnih tehnologij za medijsko industrijo, znotraj katerega je razvila model za avtomatsko prepoznavo tem novic. Nedavno se je vključila tudi v projekte, namenjene gradnji in evalvaciji velikih jezikovnih modelov, kot so LLM4DH (2024–2027), LLMs4EU (2025–2028) in središče znanja LLMs4SSH infrastrukture CLARIN (2025–), znotraj katerih evalvira zmogljivosti velikih jezikovnih modelih na različnih nalogah v slovenščini in drugih južnoslovanskih jezikih in narečjih.

Poleg projektnega dela je Taja Kuzman Pungeršek zelo aktivna v okviru slovenske raziskovalne infrastrukture za jezikovne vire in tehnologije CLARIN.SI, znotraj katere deluje kot članica upravnega odbora. Skupaj z dr. Nikolo Ljubešićem vodi središče znanja CLASSLA za južnoslovanske jezike, ki ponuja izobraževalne materiale o dostopu do jezikovnih virov in tehnologij za južnoslovanske jezike ter razvija tudi svoje vire in tehnologije. Taja v sklopu središča sodeluje tudi pri organiziranju delavnic o uporabi velikih zbirk besedil za jezikoslovne raziskave ter postavlja in vzdržuje infrastrukturo za redno zbiranje velikih zbirk besedil s spleta, ki se uporabljajo za gradnjo velikih jezikovnih modelov in jezikoslovne raziskave.

Njeno delo je objavljeno v številnih mednarodnih revijah in konferencah s področja računalniškega jezikoslovja in obdelave naravnega jezika, med drugim na konferencah LREC, EACL in COLING. V petih letih od zaposlitve na Institutu je kot avtorica ali soavtorica izdala pet znanstvenih člankov, dvajset konferenčnih prispevkov ter več kot sedemdeset jezikovnih virov in tehnologij. Leta 2024 je prejela nagrado za najboljši članek na Slovenski konferenci o umetni inteligenci. Njeni prispevki so citirani več kot 570-krat, modeli, ki jih je razvila – predvsem modela za avtomatsko prepoznavanje tem novic in tipov besedil (žanrov) v spletnih zbirkah – pa so bili doslej skupaj preneseni več kot 650.000-krat.

V okviru doktorskega študija raziskuje avtomatsko prepoznavo žanrov v spletnih besedilih pod mentorstvom dr. Nikole Ljubešića. Trenutno je v absolventskem letu. V sklopu študija je objavila tri znanstvene članke, indeksirane v Web of Science in Scopus. Opravila je vse izpite s povprečno oceno 10,0, trenutno pa zaključuje svojo doktorsko disertacijo, ki jo namerava zagovarjati do konca tekočega šolskega leta.

Taja je tudi zelo aktivna članica Odseka za tehnologije znanja, kjer že več let sodeluje kot ena izmed koordinatorjev obiskov, ki sprejemajo osnovne in srednje šole ter predstavljajo delo odseka E8 na Dnevu odprtih vrat Instituta “Jožef Stefan”. Poleg tega je Taja v okviru doktorskega študija delovala kot predstavnica študentov informacijskih in komunikacijskih znanosti v Študentskem svetu Mednarodne podiplomske šole Jožefa Stefana, kjer je sodelovala v organih šole in organizirala obštudijske dejavnosti, namenjene povezovanju in druženju študentov. Za svoje delo je leta 2025 prejela posebno priznanje Mednarodne podiplomske šole.